Autrefois, plusieurs messes étaient faites durant la semaine, dont les paroissiens devaient assister. Le curé Fleury, homme cérémonial, était perfectionniste et aimait s’assurer que tout soit parfait dans son église. Lieu de rencontre, les gens se partageaient les dernières nouvelles de la paroisse sur le parvis de ce bâtiment.

L’église de Saint-Jean-Port-Joli est construite entre 1779 et 1781, puis allongée en 1815. Elle est réalisée selon une architecture religieuse d’inspiration française. Elle se situe au cœur du village, en bordure de la route 132 et à proximité du fleuve Saint-Laurent. L’église comprend une nef rectangulaire, accolée par deux petites chapelles latérales. Un chœur, terminé par une abside, se voit prolongé par une sacristie en pierre en 1815. Deux clochers surmontent l’église, l’un au niveau de la façade, l’autre au niveau du chœur. En 1875, une chapelle est ajoutée à la sacristie. Au fil du temps, de nombreuses personnes ont travaillé sur l’architecture et le décor intérieur de l’église de Saint-Jean-Port-Joli, dont les Baillargé et les Bourgaul.

Le bâtiment a été classé en tant qu’immeuble patrimonial par le ministère de la Culture et des Communications en 1963.